Wieś Bieńkówka należała początkowo do parafii Harbutowice, a gdy parafia ta została z biegiem czasu przeniesiona do Sułkowic, znalazła się Bieńkówka w parafii sułkowickiej. Przynależność ta była jednak tylko formalna, gdyż ludzie uczęszczali nadal do kościoła w Harbutowicach, a ponad to łożyli na utrzymanie księdza i kościoła także w Harbutowicach.
W 1793 roku mieszkańcy Bieńkówki podjęli budowę własnego kościoła. Kościół ten jednonawowy budowany z kamienia nieciosanego w stylu barokowym, z okazałą wieżą przy wejściu, orientowany w kierunku wschodnim, kryty pierwotnie gontem, w swoim kształcie pozostał nie zmieniony aż do dnia dzisiejszego. W 1796 roku zakupiono znaczne wyposażenie kościoła: dzwony z klasztoru karmelitów w Wiśniczu i ołtarze boczne od Sióstr Norbertanek na Zwierzyńcu w Krakowie.
W 1797 roku do Bieńkówki przybył i zamieszkał na stałe pierwszy kapelan kościoła ksiądz Jakub Chrzanowski. On też zapoczątkował z dniem 7 lipca 1797 r. prowadzenie ksiąg metrykalnych (chrztów, ślubów i zmarłych) parafii. Tę datę - 7 lipca 1797 r. -należy uznać zatem jako datę powstania parafii Bieńkówka. Tworzenie nowych parafii było wówczas zależne od władz państwowych Cesarstwa Austriackiego. Dekret państwowy ukazał się dopiero z pewnym opóźnieniem w 1808 roku, czyli w roku konsekracji kościoła i przyznania księdzu kapelanowi tytułu proboszcza. Do parafii Bieńkówka na mocy aktów państwowych zostały przyłączone jeszcze trzy inne wsie: Żarnówka, Bogdanówka i Jachówka. Mieszkańcy Żarnówki, jak podaje kronika parafii, ze względu na oddalenie wsi, faktycznie nigdy nie uczęszczali do kościoła w Bieńkówce. Bogdanówka za staraniem proboszcza z Bieńkówki w niedługim czasie, również z powodu oddalenia, wróciła do parafii w Łętowni. Jachówka natomiast, odłączona od parafii w Makowie Podhalańskim, przez 130 lat (1808 - 1938) należała do parafii w Bieńkówce. Kościół parafialny w Bieńkówce pod wezwaniem Przenajświętszej Trójcy - 6 lipca 1808 r. konsekrował biskup krakowski Andrzej Rawa Gawroński. W 1809 roku przybył do parafii ksiądz Romuald Skoczniowski, który jako pierwszy nosił oficjalnie miano proboszcza. W 1828 r. parafia liczyła 2600 osób, w tym 1673 mieszkańców Bieńkówki. Ksiądz proboszcz Jan Bańkowski na polecenie biskupa tarnowskiego Józefa Wojtarowicza w 1842 roku założył na probostwie pierwszą szkołę parafialną. W latach 1844 - 45 w parafii na tyfus zmarło 145 osób, a dwa lata później w wyniku głodu i epidemii zmarły aż 603 osoby. W 1873 roku wybuchła epidemia cholery i z tego powodu wydzielono na cmentarzu specjalny kwartał dla grzebania zmarłych na tę chorobę.W 1904 roku proboszcz parafii ksiądz Józef Bylica został mianowany dziekanem lanckorońskim i pełnił tę funkcję aż do swojej śmierci, pozostając równocześnie proboszczem w Bieńkówce. Po śmierci księdza dziekana Józefa Bylicy administratorem, a następnie proboszczem parafii w 1908 roku został ksiądz Walenty Krzanok. Duże ożywienie do parafii wprowadził następca księdza Krzanoka, ksiądz Klemens Niegłos. On to rozpoczął budowę nowej plebanii (w 1936 r.), założył Stowarzyszenie Katolickie, które wraz z Bractwami i Kółkami Różańcowymi tworzyły Akcję Katolicką, działającą od 1934 roku do wybuchu II wojny światowej. Dla potrzeb Akcji Katolickiej w latach 1936 - 37 wybudował Dom Katolicki. Ksiądz Niegłos przy dużej ofiarności mieszkańców Jachówki wybudował dla nich kościół (1937 r.) , który w 1938 roku został konsekrowany. Od tej pory wieś Jachówka, mając własny kościół, odłączyła się od parafii w Bieńkówce, a od 1939 roku rezyduje w niej na stałe ksiądz. Po drugiej wojnie światowej, w czasach ustroju komunistycznego zakazana została wszelka działalność społeczna w parafiach. Nauka religii w latach 1952 - 1957 i 1961 - 1990 została usunięta ze szkół publicznych. W tym czasie dzieci były katechizowane najpierw w kościele, a później po wybudowaniu przez księdza proboszcza Mieczysława Jaworskiego budynku gospodarczego, dzieci mogły się uczyć w dwóch salkach tegoż budynku. Dom Katolicki wobec niemożliwości wykorzystania go do celów religijnych i parafialnych po wojnie został wynajęty Zarządowi Kin w Krakowie i mieściła się w nim sala kinowa, później także kawiarnia z kioskiem Ruchu, świetlica gromadzka i sala do ćwiczeń dla orkiestry dętej, której działalność została wznowiona w 1954 roku pod kierunkiem P. Stanisława Goryla. W 1953 roku parafia liczyła 1946 mieszkańców. W tym czasie została otwarta Szkoła Podstawowa cztero-klasowa w Bieńkówce Górnej. Od 1958 roku rozpoczęto elektryfikację wsi , a pierwsze żarówki rozbłysły w 1960 roku. Podłączono również telefon. 5 lipca 1964 roku otwarto pierwszą linię autobusową. Na szczególną uwagę zasługuje rok 1959. Był to rok wizytacji parafii przez księdza biskupa Karola Wojtyłę, późniejszego papieża Jana Pawła II . Udzielił on sakramentu bierzmowania młodzieży i poświęcił nowe dzwony. 14 kwietnia 1966 roku w parafii rozpoczęto uroczyste obchody Tysiąclecia Chrztu Polski. Obchody te były przygotowywane przez 9-cio letnią nowennę i misje parafialne. Zakończyły się nawiedzeniem parafii przez Matkę Bożą Częstochowską w dniach 26 i 27 czerwca 1968 roku. Z powodu zatrzymania obrazu przez władze komunistyczne do parafii dotarły symbolicznie ramy obrazu i świeca. To wydarzenie jeszcze bardziej spotęgowało gorliwość duchową .
W roku 1967 oddano do użytku nowy duży budynek szkoły w Bieńkówce dolnej, tzw." tysiąclatkę ". W 1974 roku otwarto połączenie komunikacyjne z Myślenicami, a rok później oddano do użycia nowy budynek, w którym znalazł miejsce Ośrodek Zdrowia.
Następca księdza Jaworskiego ksiądz Józef Boraca przy dużym udziale parafian w latach 1983 - 1986 dokonał gruntownej odnowy kościoła, budynków należących do parafii i cmentarza. Założył w kościele centralne ogrzewanie, ocieplił sufit kościoła, założył boazerię, nowe konfesjonały, podwójne okna z witrażami od wewnątrz, przebudował hełm wieży kościelnej, dzięki czemu wygląd wieży powrócił do stanu pierwotnego, pokrył wieżę blachą miedzianą , położył nowe tynki z tarabony na zewnątrz kościoła oraz chodnik kamienny wokół kościoła. Odtworzył ogrodzenie kościoła, rozbudował budynek z salkami katechetycznymi i wyremontował budynek wikarówki, którą dawniej zamieszkiwał organista. Odnowił również cmentarz, wybudował kaplicę cmentarną z kryptą , bramę cmentarną i ogrodzenie. W 1990 roku stare organy, które wymagały gruntownego i bardzo kosztownego remontu, zostały wymienione na nowe 15-to głosowe.
W 1989 roku oddano do użytku nowy Dom Wiejski. Dzięki temu Dom Katolicki został zwolniony i oprócz sali dla orkiestry dętej, swoje pomieszczenie znalazło poradnictwo rodzinne oraz Grupa Apostolska na spotkania formacyjne.
Od 1990 roku, kiedy to nauczanie religii wróciło do szkół publicznych, oprócz księdza proboszcza katechezę dzieci podjęły także osoby świeckie.